15 שנים הנהיג פאולוס ה 6 את העולם הקתולי ועשה בדרך כמה שנויים משמעותיים, לצד גילויי שמרנות: באנציקליקה (מהמילה CYCLE - מסמך אפיפיורי שאמור "להתגלגל" בעולם ולפרסם את המסר) השניה והאחרונה שפרסם  בשנת 1968   Humanae Vitae אמר "לא" נחרץ לאמצעי מניעה. האם בכך חרץ גורלם של מליוני אנשים באפריקה שמתו מאיידס שנים ספורות אח"כ? את זה מן הסתם לא שאלו בועדה שהחליטה לתת לו את ההקדשה. 

באנציקליקה הראשונה שלו משנתו הראשונה על הכס הקדוש, כתב ששליחותו היא ליצור דיאלוג בין הכנסייה והעולם המשתנה. אלא שכבר הקדים אותו האפיפיור שהיה לפניו, יוחנן ה 23, היוזם והמבצע של הועידה העולמית החשובה ביותר בעת המודרנית – ועידת ותיקן השניה. (אפיפיור זה קודש בשנת 2014  ע"י פרנציסקוס, ובאותה ההזדמנות קודש גם האפיפיור יוחנן פאולוס השני. מיום ראשון הקרוב מנין האפיפיורים הקדושים שכיהנו במאה ה 20 יעלה לשלושה!).  בועידה זו פעלו ועדות משנה לנושאים שונים כגון תקשורת המונים, מודרניזציה של הפולחן וכמובן – שאלת היחס ליהדות, כחלק מהמפעל הפנטסטי הזה. השלכותיה של הועידה היו דרמטיות, וליהודים בעיקר מוכר המסמך "נוסטרה אטאטה" שמהווה קו פרשת מים ביחס ליהודים ושאלת אשמתם בצליבת ישוע.  בגלל מותו של יוחנן ה 23 בשלהי 1963 ובעיצומה של הועידה, אפשר היה שהועדה תנעל ותתמוסס כפי שמציע חוק הכנסייה. אבל פאולוס השישי המשיך את קיומה והפך למי שחותם על מסמכיה. לדעתי לא היה יכול לפעול אחרת, משום שהעולם שיווע לבחינה מדוקדקת של הכנסייה ולקול קורא לגבי טיבה של הכנסייה בעידן של אחרי מלחמות העולם.